Construido por Aquilino Amezua (Azpeitia 1847 – Donostia 1912) en 1894. Era un órgano de 2 teclados con consola mecánica y unos 25 registros.

La primera reforma, entre 1925 y 1928, fue iniciada por Juan Melcher y finalizada por Juan Dourte. Formato de 3 teclados de 61 notas, y pedal de 30 notas, con 58 registros, con neumática.

La reforma de 1959, también a cargo de la Casa Dourte, consistió en restaurar la consola de 1930 y electrificar la transmisión. Actualmente, el órgano permanece con el formato de 1930, con 42 juegos efectivos. Desde entonces, solo se han realizado afinaciones y ajustes.

La caja ocupa el fondo de la nave central. El exterior está realizado en madera de caoba. Tiene 8 metros de ancho, 4,5 metros de fondo y 9,5 metros de altura. Ocupa 36 m2 con un volumen de 300 m3.